Με την απελευθέρωση της Ηπείρου το 1912, μέρος αυτού του πληθυσμού των Τσάμηδων έφυγε και επέστρεψε στην Αλβανία.
Το 1923, που έγινε η ανταλλαγή Μουσουλμάνων με Έλληνες Μικρασιάτες, οι Τσάμηδες αριθμούσαν περί τις 17 με 22 χιλιάδες. Λέγεται, ότι τότε ο μεγάλος Έλλην πολιτικός Ελευθέριος Βενιζέλος θέλησε να ανταλλάξει και τους Μουσουλμάνους της Θεσπρωτίας με Έλληνες Χριστιανούς της Μικράς Ασίας. Όμως οι Τσάμηδες, από μόνοι τους ή κατόπιν Ιταλικής παρέμβασης, για να υπάρχουν στο Ελληνικό έδαφος αυτοί, ως αντίβαρο προς τους Έλληνες της Βορείου Ηπείρου, υπέβαλαν υπόμνημα προς τον Βενιζέλο λέγοντες: «Εμείς είμαστε Μουσουλμάνοι το θρήσκευμα, ομιλούμε την Αλβανική γλώσσα, αλλά αισθανόμεθα Έλληνες και επιθυμούμε να παραμείνουμε στην Ελλάδα και να μη ανταλλαγούμε». Ο Βενιζέλος σεβάστηκε την επιθυμία τους και έτσι οι Τσάμηδες παρέμειναν στη Θεσπρωτία.
Θεωρείται βέβαιο ότι οι Τσάμηδες ήταν μάλλον Αλβανοί-Μουσουλμάνοι, παρά Τούρκοι-Μουσουλμάνοι. Κατά την περίοδο 1923-1940 καταγράφονται πολλές προσπάθειες των Ελληνικών Κυβερνήσεων να εντάξουν τους Τσάμηδες στην Ελληνική κοινωνία, ώστε να αποτελέσουν κομμάτι του Ελληνικού Κράτους. Οι Τσάμηδες, όμως παρέμειναν προσηλωμένοι σε αντιλήψεις «ανωτερότητας» έναντι την Χριστιανών που κάποτε δυνάστευαν, δεν δέχονταν να εργασθούν ως αγρότες, ενώ ταυτόχρονα διατηρούσαν τα μουσουλμανικά ήθη και έθιμα. Όταν το 1939 η Ιταλία κατέλαβε την Αλβανία, κορυφώθηκε η αλυτρωτική προπαγάνδα των Τσάμηδων, πολλοί από τους οποίους περνούσαν τα σύνορα προς την Αλβανία, όπου οργανώνονταν με όπλα για να καταλάβουν Ελληνικά εδάφη.
Κατά τη διάρκεια της γερμανοϊταλικής κατοχής της Ηπείρου, οι Τσάμηδες όχι μόνον συνεργάστηκαν με τις κατοχικές δυνάμεις, αλλά σχημάτισαν και Στρατιωτικές Μονάδες (Τάγματα) και πολεμούσαν μαζί με τους κατακτητές τις ελληνικές Αντάρτικες Ομάδες, διαπράττοντας και εγκλήματα κατά του ντόπιου ελληνικού πληθυσμού. Οι βαρβαρότητες των Τσάμηδων, που υποκινούνταν από τις Αρχές Κατοχής κατά των Ελλήνων, ήταν εγκλήματα πολέμου. Ανακήρυξαν αυτόνομη τη Θεσπρωτία, κατέλυσαν τις Ελληνικές Αρχές και συνεργαζόμενοι με τους κατακτητές του Χίτλερ οργίασαν, διώκοντας, λεηλατώντας, ληστεύοντας, καίγοντας, εξοντώνοντας και εκτοπίζοντας Έλληνες, δολοφονώντας προκρίτους, ακόμα και τον Νομάρχη Θεσπρωτίας! Διέπραξαν αρπαγές γεωργικής σοδειάς, χιλιάδων ζώων, δημητριακών κ.α. Μόνο το Φεβρουάριο του 1944 έκαψαν 25.000 σπίτια Ελλήνων και δημιούργησαν 100.000 άστεγους!
Από τα κορυφαία αποτρόπαια εγκλήματά τους, ήταν η μαζική σφαγή των 49 ατόμων στην Παραμυθιά της Θεσπρωτίας. Η εκτέλεση βεβαίως έγινε από Γερμανούς στρατιώτες, αλλά ύστερα από κατάδοση των Τσάμηδων.
Εναντίον των κατακτητών και των Τσάμηδων αντιστάθηκαν οι Αντάρτες του ΕΔΕΣ υπό τον Ναπ. Ζέρβα. Οι Αντάρτες του ΕΛΑΣ ανέχονταν τη δράση τους και σε μερικές περιπτώσεις συνεργάστηκαν με τους κομμουνιστές Τσάμηδες. Σήμερα βέβαια κανείς δε δέχεται τις διεκδικήσεις των Τσάμηδων.
Κατά την αποχώρηση των κατακτητών, μετά από τετραετή κατοχή, ο Ζέρβας διεμήνυσε στους Τσάμηδες ότι: «Όσοι έχουν συνεργασθεί με τους κατακτητές και έχουν διαπράξει εγκλήματα εις βάρος των Ελλήνων, θα δικαστούν από έκτακτα Στρατοδικεία, τα οποία θα συγκροτηθούν επιτόπου και θα δικάσουν τους πραγματικούς εγκληματίες πολέμου Τσάμηδες». Εκείνοι φοβήθηκαν τυχόν αντίποινα και απεχώρησαν μόνοι τους στην Αλβανία. Έτσι μαζί με τους ενόχους έφυγαν και οι μη ένοχοι.
Αυτοί οι Τσάμηδες σήμερα εμφανίζονται ως αδικημένοι και θύματα των Ελλήνων και ζητούν να επιστρέψουν στη Θεσπρωτία, αποκρύπτοντας τα όσα διέπραξαν συνεργαζόμενοι με τους κατακτητές, διεκδικώντας μάλιστα και περιουσίες.
